След дързък бягство от адския панамски затвор Сона, братята Майкъл Скофийлд и Линкълн Бъроуз са решени да търсят справедливост срещу Компанията – сенчестата организация, унищожила живота им и убила жената, която Майкъл обича, д-р Сара Танкреди. Търсенето на отмъщение отвежда Майкъл в Лос Анджелис, където светът му се преобръща, когато агентът на Компанията Гретчен/Сюзън Б. Антъни го информира, че Сара е все още жива. Осъзнавайки, че единственият начин наистина да бъдат свободни е да намерят Сара и да унищожат Компанията, Майкъл и Линкълн се заклеват да го направят. С помощта на агента на Вътрешна сигурност Дон Селф, те събират група съюзници и познати лица, за да изпълнят задачата си: Махоун, Сукре, Белик и компютърният експерт Роланд Глен. За нещастие на братята, те трябва да избегнат и убиеца на Компанията Уайът, и да намерят избягалия Ти-Бег. Майкъл и Линкълн скоро откриват, че единственото нещо по-трудно от бягството е проникването.