След падането на Зион под обсадата на Машините, Нео владее силите си по-добре. Земният анклав на човечеството е на броени часове от унищожение от 250 000 стражи. Жителите на Зион, вдъхновени от Морфей, вярват, че Нео ще изпълни пророчеството на Оракула и ще спечели войната. Всички погледи са вперени в него, но той е объркан от видения и търси правилния път.