След като е уличен в терористичен акт – бомбен атентат в Кремъл, МВФ е разпуснат. Президентът на САЩ активира протокол „Фантом“. Итън Хънт и неговият новосформиран екип трябва да действат в пълна секретност, за да докажат невинността на организацията. Те са откъснати от всякаква подкрепа и комуникация, извън всякакъв шпионски канал. Залавянето им означава обвинение в тероризъм. Никога досега не са се сблъсквали с толкова трудна и рискована задача.