Четири години след първия филм, Кей се е оттеглил, а Джей продължава работата си в "Мъже в черно". Рутинно разследване отвежда Джей до зловещ план, замислен от Серлийна, ужасяващо извънземно. Джей трябва да убеди Кей, единствения, който може да предотврати галактическа катастрофа, но Кей не помни нищо от миналото си в агенцията. Времето изтича.